1 - Identifique a faixa onde está a legenda, normalmente a 3. Em caso de arquivos dual audio, normalmente a 4.
mkvinfo arquivo.mkv
2 - Comando para extrair a legenda, onde o numero 3 é a faixa a ser extraída. Ou seja onde está a legenda.
mkvextract tracks "arquivo.mkv" 3:"arquivo.srt"
Obs: É necessário o pacote mkvtoolnix instalado.