São necessárias alterações em três arquivos: Shell.qml, IconTile.qml e LauncherList.qml.
Vamos ao que interessa.
sudo vim /usr/share/unity-2d/shell/Shell.qml
LauncherLoader {
id: launcherLoader
anchors.top: parent.top
anchors.bottom: parent.bottom
width: 65 // ALTERAR PARA 52 (LARGURA DA BARRA)
sudo vim /usr/share/unity-2d/shell/common/IconTile.qml
Image {
id: icon
objectName: "icon"
anchors.centerIn: parent
smooth: true
sourceSize.width: 48 // ALTERAR PARA 32 (LARGURA DO ÍCONE)
sourceSize.height: 48 // ALTERAR PARA 32 (ALTURA DO ÍCONE)
sudo vim /usr/share/unity-2d/shell/launcher/LauncherList.qml
property int tileSize: 54 // ALTERAR PARA 38 (ESPAÇAMENTO DOS ÍCONES)
property int selectionOutlineSize: 65 // ALTERAR PARA 50 (BORDA DOS ÍCONES)
Fonte: http://www.liberiangeek.net/2012/06/resize-unity-2d-launcher-in-ubuntu-12-04-precise-pangolin/