Solução: Coloque o CD no drive e no prompt em modo administrador execute:
Add-WindowsFeature NET-Framework-Core -Source D:\sources\sxs
Pronto! Recomece a instalação do .Net Framework 3.5
Para maiores informações ou Windows 8 acesse: http://social.technet.microsoft.com/wiki/pt-br/contents/articles/12541.solucionando-problemas-erro-ao-instalar-o-net-framework-3-5-no-windows-server-2012-ou-windows-8.aspx