Listando remotes instalados (remote é o repositório):
flatpak remotes
Adicionando remotes (Flathub é o remote utilizado no exemplo):
flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
Removendo remotes (Flathub é o remote utilizado no exemplo):
flatpak remote-delete flathub
Procurando um pacote (aplicação):
flatpak search <nome_da_aplicação>
Instalando um pacote:
flatpak install <nome_do_remote> <nome_do_pacote>
Removendo um pacote:
flatpak uninstall <nome_do_pacote> [parâmetros]
*--unused (remove pacotes não utilizados)
Reparando instalações:
flatpak repair
Fonte: https://docs.flatpak.org/en/latest/using-flatpak.html